在2044年的神龟纽约，一股来自宇宙的崛起邪恶力量——由大反派朗格领导的外星军团，正通过一个神秘传送门威胁地球的神龟安全。他们对城市的崛起肆意破坏让人类面临前所未有的危机，忍者神龟们虽然奋力抵抗，神龟但仍无法抵挡敌人的崛起猛烈攻势，付出了惨重代价。神龟然而，崛起在绝望中，神龟李奥纳多和他的崛起弟子凯西·斯普林特找到了一缕希望之光——开启传送门的古老钥匙，这让他们决定回到过去，神龟阻止朗格开启传送门。崛起在这场时间与空间的神龟较量中，忍者神龟们携手昔日战友：拉斐尔、崛起米开朗基罗、神龟多纳太罗以及他们的导师李奥纳多，踏上了穿越时空的旅程。在过去的纽约，他们遇到了勇敢的女记者艾普利尔·奥尼尔，两人迅速建立了深厚的友谊，并决定共同对抗未来的敌人。在这个过程中，忍者神龟们不仅要在过去的世界中寻找和保护钥匙，还要面对种种意想不到的挑战，最终，他们将与朗格和他的外星军团在2044年的纽约展开终极对决。在这场关乎地球存亡的大战中，“我们的未来，我们自己做主”，这句口号成为了忍者神龟们勇往直前的动力源泉。