1877年，浪客剑心、剑心弥彦、维歌阿薰和左之助一行人乘坐火车来到了横滨。新志他们刚到不久，镇魂便卷入了一场与几名骚扰年轻女子的浪客外国士兵之间的争端中。正是剑心在这场意外之中，他们结识了一位正直的维歌武士——时雨泷魁，并很快成为了好朋友。新志然而，镇魂明治十年的浪客政治局势仍然动荡不安，许多反抗新政府的剑心维新志士不断袭击政府机关及外国大使馆。而时雨正是维歌“新维新”运动的重要领导者之一。过去，新志他与剑心曾是镇魂佐幕派彰义队的好友，但剑心的挚友高槻严达却在一次决斗中不幸丧命于拔刀斋剑心之手；同时被救下的女孩朱鹭实际上是严达的女儿。造化弄人，让他们以如此方式再次相遇。得知一切真相后，剑心决定不顾一切地阻止好友发动袭击政府的计划。而另一方面，野心家田母野则试图借镇压叛乱分子的机会实现自己的不正当目的。在这一系列错综复杂的事件中，昔日的友情与仇恨交织在一起，剑心能否化解这场危机，保护那些无辜者，并最终找到内心的平静？这一切都将在这部《浪客剑心：给维新志士的镇魂歌》中揭晓。