在14年前的福音那个至关重要的时刻，初号机疑似进入了神化状态的战士第一形态觉醒，导致了世界前所未有的新剧巨变。在这之后，场版葛城美里领导的福音NERV旧部选择出走，组建了反抗Seele与NERV的战士新组织Wille，并委派明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的新剧初号机。然而，场版他们明确禁止真嗣登上这台关键机器。福音正当真嗣对此困惑不解时，战士他意外地登上了突然入侵的新剧九号机，并返回了饱经创伤的场版NERV总部。在那里，福音他与久别重逢的战士绫波丽再次相会，并得知自己将与美少年渚薰共同驾驶十三号机。新剧随着这些突如其来的事件，真嗣发现自己正身处一个充满未知和挑战的世界。与此同时，他开始逐渐揭开长达14年的空白期间所隐藏的真相，那些经历巨变的情感纠葛让他感到迷茫。《福音战士新剧场版：Q》作为EVA系列电影三部曲的终结篇，将引领观众一探究竟。