《联邦调查局第二季》的联邦故事发生在第一季的基础上，继续讲述着特工米丽莎·弗雷德兰德尔（梅甘·普尔顿饰）和杰克·卡斯特（马克斯·苏萨诺饰）在FBI的调查追踪、破案故事。局第季第二季中，联邦这对搭档将继续面对各种棘手复杂的调查案件，包括金融犯罪、局第季恐怖主义、联邦网络诈骗等。调查同时，局第季随着剧情的联邦发展，弗雷德兰德尔与上司之间产生了微妙的调查情感变化，而卡斯特也面临着个人生活的局第季困扰和抉择。本季依旧保持了紧张刺激的联邦悬疑风格，同时也加入了对角色内心世界的调查探讨，是局第季一部集动作、悬疑、情感于一体的电视剧。